Nghị quyết số 21/NQ-CP nêu rõ, ngân sách địa phương đảm bảo cho người dân trên địa bàn và các đối tượng do địa phương quản lý. Ngân sách trung ương đảm bảo cho các đối tượng do các cơ quan trung ương quản lý và hỗ trợ ngân sách địa phương.
Trong đó, đối với các tỉnh miền núi, Tây Nguyên, ngân sách trung ương hỗ trợ 70% mức ngân sách nhà nước thực chi theo quy định. Đối với các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương còn lại, các tỉnh, thành phố có tỷ lệ điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương từ 50% trở lên thì chủ động sử dụng dự phòng ngân sách địa phương để thực hiện;
Các tỉnh, thành phố có tỷ lệ điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương dưới 50% thì ngân sách trung ương hỗ trợ 30% phần hỗ trợ từ ngân sách nhà nước; Các địa phương chưa tự cân đối được ngân sách còn lại thì ngân sách trung ương hỗ trợ 50% phần hỗ trợ từ ngân sách nhà nước.
Các địa phương sử dụng tối đa 50% nguồn dự phòng ngân sách địa phương, tối đa 70% quỹ dự trữ tài chính cấp tỉnh để thực hiện công tác phòng, chống dịch Covid-19. Trường hợp địa phương chi cho công tác phòng, chống dịch Covid-19 ở mức độ lớn, nếu phần ngân sách địa phương đảm bảo vượt quá nguồn lực của địa phương, gồm: 50% nguồn dự phòng ngân sách địa phương (bao gồm cả 3 cấp tỉnh, huyện, xã) và 70% quỹ dự trữ tài chính địa phương, ngân sách trung ương sẽ bổ sung thêm phần chênh lệch vượt quá nguồn lực của địa phương để các tỉnh, thành phố có đủ nguồn để thực hiện.
Bên cạnh ngân sách nhà nước, kinh phí mua vắc xin phòng Covid-19 còn từ nguồn viện trợ, tài trợ, hỗ trợ của tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước, các nguồn vốn hợp pháp khác và nguồn do các tổ chức, cá nhân sử dụng vắc xin tự nguyện chi trả.
Chính phủ giao Bộ Tài chính bố trí ngân sách trung ương theo quy định nêu trên để mua, nhập khẩu, tiếp nhận vắc xin, vận chuyển, bảo quản, chi phí dịch vụ tiêm chủng theo đề nghị của Bộ Y tế, các Bộ, cơ quan trung ương.